Selain memiliki wakil-wakil diplomatik untuk negara sahabat, Indonesia juga memiliki perwakilan-perwakilan untuk organisasi-organisai multilateral. Selain untuk memudahkan dalam berkomunikasi antar anggota Organisasi Multilateral, keberadaan perwakilan Indonesia dapat menunjukan peran aktif Indonesia di tingkat Internasional.
Indonesia memiliki perwakilan tetap untuk Organisasi Multilateral, antara lain:
- Perutusan Tetap Republik Indonesia untuk ASEAN (PTRI ASEAN) di Jakarta
- Perutusan Tetap Republik Indonesia untuk APEC (Asia-Pacific Economic Cooperation) di Singapura
- Perwakilan Indonesia untuk Uni Eropa
- Perutusan Tetap Republik Indonesia untuk PBB (PTRI PBB) di New York, Amerika Serikat
- Perutusan Tetap Republik Indonesia untuk PBB (PTRI PBB) di Jenewa, Swiss